연말정산 의료비공제 계산법, 실손 차감·맞벌이 몰아주기

2026년 11월 4일 업데이트 · 소득세법 제59조의4·같은 법 시행령 제118조의5, 국세청 기준

연말정산 의료비공제는 2026년에 쓴 의료비 가운데 총급여의 3%를 넘는 부분에 15%를 곱해 세금에서 빼 주는 구조이고, 2027년 1월 연말정산에서 적용됩니다. 그런데 같은 300만원을 써도 실손으로 돌려받은 돈을 어떻게 처리했는지, 누구 이름으로 공제받았는지에 따라 손에 남는 금액이 몇만 원에서 십몇만 원까지 벌어집니다. 아래에 총급여 4,000만원 직장인 예시를 실제 숫자로 풀어 두었습니다.

연말정산 의료비 공제대상, 누구 병원비까지 되나

공제는 근로자가 기본공제대상자를 위해 낸 의료비에 적용됩니다. 소득세법 제59조의4 제2항은 이때 기본공제대상자를 "나이 및 소득의 제한을 받지 아니한다"고 따로 적어 두었습니다. 그래서 연금소득이 있어 인적공제에서 빠진 아버지, 만 20세를 넘긴 대학생 자녀처럼 다른 공제에서는 탈락하는 가족도 의료비만큼은 들어갑니다. 국세청이 2026년 1월 23일 낸 연말정산 오답 자료에서도 소득금액 요건을 넘는 부양가족 의료비를 공제받을 수 있다고 답했습니다.

반대로 막히는 경우도 있습니다. 같은 자료에 따르면 형이 어머니를 기본공제로 올렸다면, 동생이 어머니 병원비를 냈더라도 동생은 그 의료비를 공제받지 못합니다. 의료비는 부양가족 공제를 받는 사람 쪽에 붙기 때문입니다. 형제끼리 부모님을 나눠 모시는 집이라면 병원비를 낸 사람과 부모님을 공제로 올린 사람이 같은지부터 맞춰 두는 편이 낫습니다.

구분	대상	공제율	한도
본인 등	본인, 6세 이하, 65세 이상, 장애인, 중증·희귀난치성질환자·결핵환자 등	15%	없음
미숙아·선천성이상아	대통령령에서 정한 미숙아·선천성이상아	20%	없음
난임시술비	난임시술 비용(관련 처방 의약품 포함)	30%	없음
그 밖의 부양가족	위에 해당하지 않는 기본공제대상자	15%	연 700만원

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

연말정산 의료비 공제 한도와 3% 문턱의 차감 순서

한도 700만원은 표의 마지막 줄, 즉 본인·6세 이하·65세 이상·장애인 등에 해당하지 않는 가족 의료비에만 걸립니다. 본인 수술비가 1,000만원 넘게 나왔다면 그 금액은 한도 없이 계산에 들어갑니다.

3% 문턱을 어디서 빼는지도 법에 순서가 정해져 있습니다. 먼저 그 밖의 부양가족 의료비에서 총급여의 3%를 뺍니다. 그 금액이 3%에 못 미치면 모자란 만큼을 본인 등 의료비에서 빼고, 그래도 남으면 미숙아·선천성이상아 의료비, 마지막으로 난임시술비 순서로 내려갑니다. 공제율이 높은 항목이 문턱을 가장 늦게 깎이도록 짜인 셈이라, 난임시술비 30%는 웬만하면 온전히 살아남습니다.

공제되는 의료비와 안 되는 의료비

시행령 제118조의5가 정한 범위는 의료기관 진찰·치료·질병예방 비용, 치료·요양 목적 의약품(한약 포함), 장애인 보장구와 의료기기 구입·임차비, 시력보정용 안경·콘택트렌즈(1명당 연 50만원), 보청기, 장기요양급여 본인부담금, 산후조리원 비용(출산 1회당 200만원)입니다.

빠지는 쪽은 미용·성형수술 비용과 건강증진용 의약품입니다. 정책브리핑에 실린 국세청 안내는 여기에 외국 의료기관에 낸 돈, 간병인에게 준 비용, 실손으로 받은 금액, 국민건강보험공단의 본인부담상한제 사후환급금을 더해 제외 항목으로 꼽았습니다. 영양제를 약국에서 샀더라도 치료 목적 의약품이 아니면 들어가지 않습니다.

연말정산 의료비공제 계산법, 총급여 4,000만원 예시

총급여 4,000만원 직장인이 2026년에 본인 병원비로 300만원을 쓰고, 그중 50만원을 실손 청구로 돌려받았다고 놓고 계산해 보겠습니다. 아래는 산식 기준 직접 계산입니다.

1. 공제 대상 의료비: 300만원 - 실손 수령액 50만원 = 250만원
2. 3% 문턱: 4,000만원 × 3% = 120만원
3. 문턱을 넘은 금액: 250만원 - 120만원 = 130만원
4. 세액공제액: 130만원 × 15% = 19만 5,000원
(본인 의료비라 700만원 한도는 적용되지 않습니다. 산식 기준 직접 계산)

여기서 실손 50만원을 빼지 않고 300만원 그대로 넣으면 (300만원 - 120만원) × 15% = 27만원이 나옵니다. 차이 7만 5,000원은 실손 50만원에 15%를 곱한 값과 정확히 같습니다. 숫자가 커 보여도 결국 돌려받은 돈에 대해 세금까지 또 깎아 달라는 셈이라, 나중에 국세청 대조에서 드러나면 덜 낸 세금을 다시 내야 할 수 있습니다.

부양가족이 섞이면 계산이 한 줄 늘어납니다. 총급여 5,000만원인 사람이 소득이 있는 60세 어머니 병원비로 900만원을 냈다면, 문턱 150만원을 먼저 빼서 750만원이 되고, 이 금액이 700만원 한도를 넘으므로 700만원에 15%를 곱한 105만원이 공제액입니다(산식 기준 직접 계산). 어머니가 65세 이상이었다면 한도가 없어 750만원 × 15% = 112만 5,000원이 됩니다.

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

연말정산 실손 공제 확인, 받은 해와 쓴 해가 다를 때

실손 청구로 받은 돈은 의료비에서 빼야 한다는 내용은 시행령 제118조의5 제1항 본문에 들어 있습니다. 2021년 1월부터는 국세청이 실손을 지급한 회사에서 수령액 자료를 받아 연말정산 간소화 서비스에 함께 띄워 주기 시작했습니다. 그러니 간소화 화면의 의료비 합계만 보고 공제신고서에 옮기면 안 되고, 같은 화면의 실손 수령액 칸까지 확인해야 합니다.

자주 꼬이는 건 12월에 치료받고 이듬해 1월이나 2월에 청구금을 받는 경우입니다. 2026년 12월 진료비를 2027년에 돌려받으면 2026년 귀속 연말정산 때는 아직 자료에 없을 수 있습니다. 국세청은 2026년 1월 자료에서, 연말정산 뒤에 본인부담상한제 사후환급금이 생겨 의료비 공제를 고쳐 신고하는 경우에는 가산세가 붙지 않는다고 안내했습니다. 늦게 받은 금액은 숨기기보다 5월 종합소득세 신고 때 바로잡는 쪽이 안전합니다.

맞벌이 몰아주기 방법과 부부합산이 안 되는 이유

의료비 공제에 부부합산은 없습니다. 남편과 아내가 각자 자기 총급여의 3% 문턱을 따로 넘어야 하고, 두 사람 의료비를 더해 한 번에 계산하는 방식은 법에 없습니다. 그래서 같은 돈을 누구 이름으로 쓰느냐가 결과를 가릅니다.

국세청은 맞벌이 부부는 서로를 인적공제로 올릴 수 없지만 의료비는 예외라서, 본인이 배우자를 위해 쓴 금액만큼 공제받을 수 있다고 안내해 왔습니다. 대신 같은 의료비를 두 사람이 겹쳐 공제할 수는 없고, 자녀 같은 부양가족 의료비는 그 가족을 기본공제로 올린 한 사람만 받습니다.

총급여가 낮은 쪽이 유리한 이유는 문턱 크기 때문입니다. 남편 총급여 6,000만원, 아내 3,000만원인 부부가 실손을 뺀 의료비 250만원을 어느 한쪽으로 모은다고 해 보겠습니다(산식 기준 직접 계산).

공제받는 사람	3% 문턱	넘은 금액	공제액(15%)
남편(6,000만원)	180만원	70만원	10만 5,000원
아내(3,000만원)	90만원	160만원	24만원

같은 250만원인데 13만 5,000원 차이가 납니다. 다만 공제액은 낼 세금에서 빼는 것이라, 총급여가 낮은 쪽은 원래 낼 세금 자체가 공제액보다 적을 수도 있습니다. 그래서 두 사람 모두 공제신고서를 채운 뒤 예상세액 계산을 각각 돌려 보고 정하는 편이 정확합니다. 아이 의료비를 아내 쪽으로 보내려면 아이 기본공제도 아내 쪽에 올려야 한다는 점도 같이 맞춰야 합니다.

단계 1. 간소화 자료에서 의료비부터 확인

홈택스 연말정산 간소화 서비스에서 의료비 항목을 열면 의료기관·약국별 지출액과 함께 실손 수령액 자료가 나옵니다. 부양가족 자료는 그 가족이 자료 제공에 동의해야 보입니다. 2026년 1월 일정은 15일 개통, 17일까지 '조회되지 않는 의료비 신고센터' 접수, 20일 추가·수정분 확정 순서였습니다. 2027년 1월 일정은 국세청 발표가 나오면 다시 확인해야 합니다.

법 조문을 직접 보고 싶다면 국가법령정보센터의 소득세법 제59조의4 조문에서 2026년 1월 1일 시행본을 열 수 있습니다.

단계 2. 간소화에서 빠지는 영수증 챙기기

간소화에 안 보이거나 금액이 틀린 자료는 발급한 곳에서 영수증을 직접 받아 회사에 내면 됩니다. 소득·세액공제신고서 서식은 첨부 영수증을 의료기관·약사 확인분, 안경사 확인분, 판매자 확인분(보청기·장애인 보장구·의료기기), 산후조리원 확인분으로 나눠 두었는데, 이 구분이 곧 빠지기 쉬운 쪽을 보여 줍니다.

• 안경·콘택트렌즈: 시력보정용만 되고 1명당 연 50만원까지입니다. 카드나 현금영수증으로 산 안경은 2021년 1월부터 간소화에 제공되기 시작했지만, 현금만 내고 영수증 등록을 안 했다면 화면에 없습니다.
• 보청기·의료기기: 판매자 확인 영수증이 필요하고, 의료기기는 의사 처방전도 함께 냅니다.
• 산후조리원: 출산 1회당 200만원까지이며, 2024년 9월 정책브리핑 안내대로 지금은 총급여가 높은 사람도 받을 수 있습니다.

현금으로 결제하고 번호를 안 불러 준 영수증이 있다면, 현금영수증 미등록분을 뒤늦게 등록하는 방법을 현금영수증 조회와 미등록분 등록, 공제율 30% 정리 글에 따로 적어 두었습니다.

현금영수증 조회와 미등록분 등록, 공제율 30%

 

보청기나 의료기기처럼 판매자 확인이 필요한 영수증은 구입한 곳에 연락해 다시 받아야 하니, 1월 개통 전에 미리 요청해 두면 회사 제출 마감에 쫓기지 않습니다.

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

단계 3. 공제신고서 입력, 막히는 칸

소득·세액공제신고서(소득세법 시행규칙 별지 제37호서식, 2025년 6월 30일 개정본)의 의료비 칸은 공제율별로 나뉘어 있습니다. 본인·6세 이하·65세 이상·장애인·건강보험산정특례자 지출액, 난임시술비, 미숙아·선천성이상아 지출액, 그 밖의 공제대상자 지출액을 각각 적고, 실손 수령액 합계를 따로 적는 구조입니다.

어머니가 63세인데 어느 칸에 넣나

그 밖의 공제대상자 칸입니다. 65세 이상 칸은 나이 기준이라, 63세 부모님 의료비는 700만원 한도가 걸리는 일반 칸으로 갑니다. 장애인 등록이 되어 있다면 본인 등 칸으로 옮겨 한도 없이 계산합니다.

실손 수령액 칸을 비워 둬도 되나

안 됩니다. 간소화에 수령액이 떴다면 그 금액을 실손 칸에 적어야 합니다. 비워 두면 공제액이 커 보이지만 앞의 예시처럼 받은 금액의 15%만큼 덜 낸 세금이 생기고, 나중에 다시 내야 할 수 있습니다.

의료비가 3%도 안 되면 서류를 내야 하나

내지 않아도 됩니다. 국세청은 의료비가 총급여의 3%에 못 미치면 공제 혜택이 없어 증빙을 낼 필요가 없다고 안내해 왔습니다. 총급여 4,000만원이라면 120만원이 기준선이니, 간소화 합계가 그 아래면 이 칸은 넘어가도 됩니다.

2026 세법개정안에서 의료비공제는 바뀌나

재정경제부가 2026년 8월 3일 발표한 세제개편안은 정부안이고, 국회 심의에서 내용과 시행 시기가 달라질 수 있습니다. 정책브리핑이 2026년 8월 13일 정리한 내용에는 부양가족 소득요건을 소득금액 100만원에서 300만원(근로소득만 있으면 총급여 500만원에서 750만원)으로 올리는 안이 들어 있지만, 의료비 세액공제 자체를 바꾸는 항목은 없었습니다. 의료비 공제는 원래 부양가족 소득요건을 보지 않으므로, 이 개정안이 확정되더라도 지금 계산법에는 영향이 없습니다.

출처: 국가법령정보센터 소득세법 제59조의4(2026. 1. 1. 시행)·같은 법 시행령 제118조의5·시행규칙 별지 제37호서식, 정책브리핑에 실린 국세청·재정경제부 자료. 개인별 공제액은 회사 원천징수 결과와 다를 수 있으니 최종 금액은 홈택스와 회사 연말정산 결과로 확인하세요.